L'immense majorité de la population est catholique, mais il existe aussi de nombreuses représentations protestantes américaines, et diverses sectes.

A Lima, la communauté juive est peu nombreuse mais bien installée. Quant à la communauté musulmane, elle est composée d'environ 1 000 personnes : à Lima environ 250 musulmans d'origine arabe depuis plusieurs générations installés au Pérou ; le reste à Tacna dans le sud, il s'agit de Pakistanais d'implantation récente (en relation avec le commerce de véhicules de provenance asiatique). La liberté de culte est très réelle.