L'estonien est la langue officielle, partagée par les deux tiers de la population. Cette langue ouralienne est proche du finnois et, dans une moindre mesure, du hongrois. Il existe également en Estonie plusieurs minorités linguistiques, dont la plus importante est, de loin, la communauté russophone (près de 30% de la population).

Dans les relations commerciales, outre l'estonien, l'anglais et le russe sont couramment utilisés.

En croissance continue, le français a fait une percée parmi les cadres de l'administration. Son enseignement, suspendu pendant la période soviétique, a repris depuis le retour à l'indépendance et touche un nombre grandissant de jeunes diplômés estoniens.